薬局

薬局の許可は、保健所が窓口になります。申請書類的には難しいものはありませんが、この許可の主な観点は安全管理になるので、店舗の実地検分において、設備・備品・書籍・手順書などがポイントになります。（この手順書についてのご相談だけでも承ります）
書籍は必ず最新の版を求めてください。ネットで薬局用書籍セットとして揃えた形で売っていたりしますが、古い版が混じっていたりするので、必ず最新版を確認する若しくは個別に１冊ずつ求めるかをお勧めします。
これらは許可申請前に用意すべきものなので、早い段階から保健所や行政書士に相談する、また「審査指導基準」を予め目を通すと良いと思います。
薬剤師または登録販売者資格を要することは当然のこととして記述を省きます。

市販薬だけなら上の許可で足りますが、処方箋に基づく調剤をする場合は、更に保険薬局の指定を厚生局に取る必要があります。
こちらの観点は主に「医薬分業」といえます。身内に医者がいると手続きがややこしくなる可能性があるので、調剤も行う薬局を開く場合は、保健所許可より前に、こちらの事前確認を取るべきです。

また、保険薬局の指定日は原則として月初めだけになります。申請日のタイミング次第では申請から指定までの日数が一か月以上かかることもあり得るので、スケジュールも確認しておく方がよいです。

保険薬局であれば還付請求のための施設基準を申告することになります。新設の場合、少なくとも調剤基本料については提出することになると思います。先発医薬品もですが、これは３か月間の実績が必要なので、その後になります。